2020년 이후부터 실거래가 9억원 초과 아파트를 보유한 1주택자는 2년 이상 거주해야만 양도소득세 장기 보유 특별 공제를 적용받을 수 있다. 또 조정대상지역 내 일시적 2주택자의 경우 2년 이내에 종전 주택을 팔아야 양도세 비과세 혜택을 받게 된다.

정부는 16일 국무회의에서 ‘9·13 주택시장 안정대책’ 후속 조치로 1가구 1주택자에 대한 특례를 실수요자 중심으로 개편하고, 주택임대사업자에 대한 과도한 세제 혜택을 조정하는 내용의 소득세법·종합부동산세법·조세특례제한법 시행령 개정안을 의결했다고 밝혔다.

장기보유특별공제는 보유 기간에 따라 양도소득세를 공제해주는 제도로, 10년 이상 보유하면 양도세의 최대 80%를 깎아준다.

지금까지는 실거래가 9억원 초과 1주택자의 경우 거주기간 요건 없이 장기보유특별공제를 받을 수 있었지만 개정안에 따르면 이른 바 ‘똘똘한 한채’로 불리는 9억원 초과 아파트를 팔 경우 1주택자라도 2년 이상 거주해야 특별공제를 적용받게 된다. 2년 미만으로 거주했다면 15년 이상 보유해야 최대 30%를 깎아주는 일반 장기보유공제가 적용된다.

정부는 1주택자의 신뢰 이익 보호를 위해 1년 적용 유예기간을 설정했다.

한편 조정대상지역에서 기존 주택이 있는 상태에서 지난 달14일 이후 신규 주택을 취득한 일시적 2주택자는 2년 내에 기존 주택을 팔아야 양도세 비과세 혜택을 받을 수 있다. 주택 또는 분양권·조합원 입주권의 경우 9월 13일 이전 권리를 취득했거나, 취득하기 위한 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에는 종전과 같이 3년 내에 양도하면 비과세 혜택을 받을 수 있다.

뿐만아니라 조정대상지역 신규 취득 임대주택에 대한 세제 혜택도 축소된다.

지난 달14일 이후 1주택 이상을 보유한 1가구가 조정대상지역에 주택을 새로 취득한 경우 임대등록을 하더라도 양도세가 중과되고, 종합부동산세는 합산 과세된다. 중과세율은 2주택자는 +10%포인트, 3주택 이상은 +20%포인트다. 또 지난달 14일 이후 새로 취득한 임대주택은 임대를 개시할 때 공시가격이 수도권 6억원, 비수도권 3억원 이하인 경우에 한해서만 양도세가 감면된다.

그밖에 지난 8월 28일 이후 다주택자가 조정대상지역 지정 전 주택 양도를 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의해 확인되는 경우 양도세 중과에서 제외된다.

개정안은 대통령 재가와 공포절차를 거쳐 지난달 14일부터 소급 적용될 예정이다.