재개발·재건축 조합원 입주권과 일반 분양권(당첨권)은 새집에 입주할 수 있는 권리라는 점에서 엇비슷하다. 하지만 세금 측면에서 큰 차이가 나므로 거래 때 주의가 필요하다.

첫째, 주택 수 포함 여부가 다르다. 주로 공개 청약을 통해 주어지는 분양권은 새로 매입하더라도 주택 수에 포함되지 않는다. 분양권은 건물이 완공되어 분양 계약자가 잔금을 낸 뒤 주택으로 전환된다. 그러나 입주권은 주택 수에 포함될 때가 있다. 주택이 철거돼 지상에 건물이 없는데도 주택 수를 따질 때 포함될 수 있다는 얘기다. 주택 수에 포함되는 대상은 2006년 1월 1일 이후 관리처분계획인가를 받은 입주권이나 2006년 1월 1일 이후 매입한 입주권이다.

둘째, 명의 이전에 당장 들어가는 취득비용도 차이가 난다. 전매가 허용되는 분양권은 건설회사를 찾아가 당첨자 명의만 바꾸면 되므로 별도 비용이 없다. 반면 입주권은 명의를 이전하기 위해선 토지분 취득세(4.6%)를 내야 한다.

셋째, 양도세 비과세 여부가 다르다. 분양권은 주택이 아니기 때문에 분양권 상태에서 매도할 때에는 비과세 혜택이 없다. 하지만 입주권은 관리처분계획인가일 현재 3년 이상 보유 등을 갖추고 양도일 당시 다른 주택이 없거나 일시적 2주택 유예기간(2년) 내에 있다면 비과세 혜택이 주어진다.

넷째, 분양권은 장기보유특별공제 혜택이 없지만 입주권은 다르다. 다주택자가 보유한 입주권도 혜택을 받을 수 있다. 다만 입주권 매도시 발생한 전체 양도 차익이 아닌 재건축·재개발 전 주택 취득일로부터 관리처분계획인가일까지 발생한 양도차익에 대해서만 인정받는다.

다섯째, 분양권이나 입주권 상태에서 매도시 양도세 중과세 불이익은 없지만 세율 적용을 위한 보유기간 산정방식에는 차이가 있다. 분양권은 계약일부터 양도일까지를 보유기간으로 산정해 1년 미만 보유 50%, 1년 이상~2년 미만 보유 40%, 2년 이상 보유 6~35%의 세율로 각각 과세한다.

그러나 원조합원의 입주권은 재건축·재개발 전 취득일부터 양도일까지 보유기간을 산정해 이에 따른 세율을 적용하고, 관리처분계획인가일 이후 조합원 지위를 이어받은 사람(승계 조합원)의 입주권은 취득일에서 양도일까지를 보유기간으로 인정해 세율을 적용한다.