전문가들은 노무현 정부의 '세금 폭탄 정책'이 조세 원칙을 훼손한 만큼, 이 기회에 부동산 세제 전반에 대한 개혁이 필요하다고 주장하고 있다. 우선, 지나치게 복잡한 과세 체계가 문제이다. 보유세의 경우, 재산세에 지방교육세, 도시계획세, 공동시설세가 부가된다. 6억원 이상 주택의 경우, 종부세와 종부세에 부가되는 농어촌특별세까지 감안하면 모두 6가지 세목이 과세된다.

징벌적인 과세라는 비판도 나오고 있다. 당초 종부세 부과 대상이 9억원이었으나 뚜렷한 근거 없이 6억원 이상의 주택으로 확대해 중과세하는 것은 불합리하다는 것. 이 과정에서 소득이 없는 은퇴 계층이라도 고가 주택을 가졌다는 이유만으로 고액의 세금을 부과하고 있다. 노무현 정부는 세금 능력이 없으면 집을 팔라고 했지만 미국 등 선진국에서는 은퇴 계층과 장애인 등에 대해서는 일정 정도의 보유세 감면 혜택을 주고 있다.

경기조절용 수단으로 부동산 세금이 활용되고 있다는 점도 문제이다. 외국의 경우, 집값은 세제보다는 금리·대출을 통해 가격을 조정해 왔다. 노무현 정부에서 각종 세금 규제를 가했지만 오히려 집값이 급등한 데에서도 세제의 효과가 크지 않다는 것이 드러났다.

근본적으로 부동산 세제가 국민들의 내 집 마련이나 이사를 가로막고 있다는 점이다. 양도세의 경우, 미국 등 선진국은 주택을 옮기면 이연과세(세금을 나중에 납부하도록 연기)나 시세차익(5억원 이하)에 대해 비과세를 해 더 넓은 집을 마련할 수 있도록 도와주고 있다. 당초 노무현 정부는 보유세를 높이면서 거래세(취득세·등록세)를 낮추겠다고 했다. 그러나 세율은 낮아졌지만 실거래 과세 제도를 도입해 실질 거래세는 오히려 더 올라 정부가 세수 확충에만 매달리고 있다는 비판도 나오고 있다.

건설산업전략연구소 김선덕 소장은 "지난 4~5년간 서너 배씩 세금을 급격하게 인상시킨 것은 국민들의 부담 능력을 고려하지 않은 것"이라며 "종부세와 재산세 등을 통합해서 세율을 조정하는 등 세제개편이 필요하다"고 말했다.